Der Schienenverkehr
Für das Schienennetz der deutschen Bahn ist Jena eine Art Knotenpunkt. Hier kreuzen sich die Fernstrecken Leipzig–Berlin/München–Nürnberg–Halle (Saale) und die sogenannte „Mitte-Deutschland Verbindung“ Glauchau-Weimar. In Jena selbst gibt es drei Bahnhöfe, die allesamt noch in Betrieb sind und regelmäßig angefahren werden. In ost-westlicher Richtung fahren gar sämtliche Züge über alle drei Haltepunkte: den Bahnhof Jena West, Bahnhof Göschwitz sowie die „neue Schenke“ im Südosten Jenas. Die entgegen gesetzten Verbindungen fahren über die Haltepunkte „Jena Paradies“, den Bahnhof Göschwitz, Jena-Zwätzen und den Saalbahnhof. Außerhalb der Stadt treffen sich die Bahnstrecken am Bahnhof Göschwitz, bei dem nur noch weniges daran erinnert, dass er in den 70er und 80er Jahren als Hauptbahnhof geplant worden war. Nach der Eröffnung des neuen ICE-Stopps Jena Paradies, hatte Göschwitz als Hauptknotenpunkt endgültig ausgedient.
Derzeit wird die Universitätsstadt Jena noch von der großen ICE-Linie München-Nürnberg-Leipzig-Berlin-Hamburg angefahren, nach Fertigstellung der geplanten Schnellfahrstrecke zwischen Erfurt und Nürnberg und Erfurt und Leizig soll Jena jedoch nicht mehr von diesen Linien angefahren werden.
Im Nahverkehr sind aber weiterhin zahlreiche Gemeinden der näheren und etwas weiteren Umgebung ohne Umsteigen zu erreichen. Zu diesen gehören Chemnitz, Rudolstadt, Erfurt, Göttingen und viele andere.
Der Flugverkehr
Über einen Flughafen für Linienverkehr verfügt Jena nicht. Zwar gibt es östlich von Jena den Flugplatz Jena-Schöngleina, dieser wird allerdings nur für die Allgemeine Luftfahrt genutzt. Wer Jena mit dem Flieger bereisen möchte, kann zwischen 4 nahe gelegenen Flughäfen, namentlich: Erfurt, Leipzig/Halle, Leipzig-Altenberg und Nürnberg, wählen.
Der Öffentliche Personennahverkehr
Bereits im Jahr 1909 nahm die Buslinie Apolda-Jena ihre Fahrt auf und ist damit die älteste regelmäßige Kraftverkehrsverbindung Thüringens. Innerhalb der Stadt ist es leicht möglich, sich mit öffentlichen Verkehrsmitteln fortzubewegen, da das Bus- und Straßenbahnnetz der Jenaer Nahverkehrsgesellschaft eng gestrickt ist. Auch Nachtbusse fahren teilweise rund um die Uhr, wer in umliegende Ortschaften möchte, muss allerdings auf die Bahn zurückgreifen, was am Wochenende oft schwierig wird.